Хочу поделиться чем дело закончилось с моими глюками.
 
Причин оказалось две. 
1) Исходники были созданы 15й Студией. Пережал их 17й (тем же кодеком) 
2) Прав оказался господин Чадаев :)  
 Цитата:
   | 
					Сообщение от Chadaev  В mjpeg попробуй вывести и на другой жёсткий диск или раздел,может винт глючить начал | 
 
  Виноват оказался винт - вернее сразу два.
SMART и тесты дисков ничего не дали. Но после выполнения 1го пункта я проект вывел удачно на другой тачке и стало понятно что проблема либо в системе либо в железе.
Перебивка винды ничего не дала.
Ну а потом опытным путем удалось установить что винт под систему и винт под оригиналы видео начали выдергиваться (видать от старости).
Для SD качества их скорости хватало а вот при выводе HD ее наверное не хватало и появлялись артефакты.
Заменил - все поехало... 
Спасибо за помощь!