Что случилось с boot.ini. ?

Можно все делать по порядку в зависимости от результата.Скачиваешь антивирус Зайцева,включаешь в соответствующих окошках Защиту и Драйвер расширенного мониторинга,в проверке-максимальный уровень-все файлы-все галочки-все архивы.Запускаешь-ждешь пока проверит на руткиты и скрытые процессы .Останавливаешь.В самом первом меню выбираешь Восстановление системы-ставишь все галочки кроме последнего пункта-запускаешь.После выполнения операции перегружаешься/обязательно/.Если не помогло-скачиваешь UnHackMe-в настройках включаешь все опции-проверить при загрузке-перегружаешься.При загрузке смотришь результаты-если находишь неизвестные драйвера и процессы можешь прибить/осторожно с системными!/.В проге должна быть интерактивная справка по найденным проблемам-используй.После каждой проверки и удаления обязательная перезагрузка.Если все нормально после всего этого-можешь спокойно работать.Если нет и хочешь сохранить все что имеешь-восстановление с загрузочной Винды поверх установленной системы/не с консоли!-установка поверху с восстановлением-запасись дровами/.Вдогонку-если ничего не помогает даже после формата-используй последнии ВЕБ-убивает новейшие /непотопляемые после формата/ руткиты.

[hryndik]

Подытоживаю. Шерстил систему всеми антивирусами и сканерами, какие нашёл.
Все находили трояны или ещё какую то гадость.
В итоге - восстановил boot.ini вручную, он теперь на месте и при перезагрузках не пропадает.
Вывод - всё таки вирус!